■至急教えて下さい！個人再生の別除権と清算価値

こんばんは。
質問させて頂きたいのですが

個人再生の申立で、住宅資金特別条項とは別にも不動産を所有している人の事です。
まだ、その不動産の債務を全額は支払っておらず、残債務はたったの１００万程です。
担保物件なので、別除権なのですが。
その不動産の評価額は５００万程です。
最初は、その不動産を手放したくないとの事でしたので、別除権協定を債権者と結ぼうと思っていたのですが、本人に改めて確認したら、手放しても良いとの事でした。
と言う事は、別除権は行使されるのですよね？
ただ、不動産の評価額が５００万で清算価値に挙げる予定で、再生債権よりも高くなるので、そちらを返済しなくてはいけないのでしょうか？
それとも、別除権を行使されても良いという事であれば、清算価値には評価額（時価）を記載しなくても良いのでしょうか？
長くなってすみません。分かり辛い説明ですが、どうかお願いします。